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依照我国土地管理法、城乡规划法、建筑法及《关于加强村镇建设工程质量安全管理的若干意见》的规定，自建房有以下几个问题需要注意：农民自建房不准修建高层房屋。可建设层数由各地根据情况自行规定，一般不允许建三层以上房屋。

以北京为例，目前只允许建二层及二层以下的房屋。建设高层房屋的住宅承建方需要具有相应建筑从业资质。“自建低层住宅”是指两层（含两层）以下住宅，农民自建两层（含两层以下）的住宅承建方可不需要建筑从业资质。而三层（含）以上的住宅，承建方必须具备相应的建筑从业资质。

同时，还要注意以下几点：

不准未批先建。建房前，应先由建筑公司或专业施工团队出具施工图纸，并向所属政府递交申请，经过审批后才可以动工，不得边批边建。

不准超面积标准建造。在城市、镇规划区内建房的，应当严格按照审批面积建房。对于农村自建房，实行“一户一宅”原则，各地农房宅基地占地面积一般由地方土地管理法规作出规定。

不得少批多建。不得超出审批的范围占地建设住宅，否则将被相关行政机关按照《土地管理法》的规定认定为违法建设，若不自行拆除将会被强制拆除。

不准随意翻修翻建房屋。翻修翻建旧房、危房时，需要向城乡规划主管部门或者村委会递交申请，审批通过并获得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证后才可以动工。不得违反国家有关工程建设标准，不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。